Középiskolai tanulmányait a
pécsi gimnáziumban végezte. 1910-ben a József Nádor Műegyetemen szerzett
vegyészmérnöki oklevelet. Az egyetem befejezése után került
Magyaróvárra, az Országos Növénynemesítő Intézethez. Itt
Grábner Emil az
intézet vegyészeti laboratóriumának kialakításával bízta meg, de bekapcsolódott a növénynemesítési kutatásokba is. Foglalkozott a búzával, a rozzsal és a somkóróval is. 1918-ban az Országos Chemiai
Intézet és Vegykísérleti Állomáshoz helyezték át, hogy
Kalocsán szervezze meg és irányítsa a fűszerparika nemesítését. Szakmai pályája a
szegedi
fűszerpaprika nemesítésének terén teljesedett ki,amelyet
Szegeden, a Vegykísérleti Állomás, majd a Növénytermesztési és Növénynemesítési Állomás igazgatójaként végzett.
Érdekesség, hogy az 1930-as években egyik közvetlen munka- és kutatótársa a paprikanemesítés terén,
Szanyi István (1890-?) pályáját szintén
Magyaróváron
(tejkísérleti állomás, vegykísérleti állomás) kezdte. Obermayer Ernő sokoldalú munkásságát számos kitüntetéssel ismerték el (Kossuth-díj, Fleischmann Rudolf-emlékplakett).
